Franziska Hayner ist Absolventin der Hochschule für Schauspiel »Ernst Busch«. Ihr Theaterdebüt gab sie am Landestheater Halle, wo sie häufig unter der Regie von Peter Sodann auf der Bühne stand, u. a. in »Götz von Berlichingen«, »Mutter Courage und ihre Kinder«, »Der nackte Wahnsinn« und »Sommergäste«. 1989 holte sie Friedo Solter ans Deutsche Theater Berlin. Unter seiner Regie spielte sie die Wassilisa in »Nachtasyl« und Anitra in »Peer Gynt«. Hier arbeitete sie mit namhaften Regisseuren wie Thomas Langhoff, Jürgen Gosch, Andreas Kriegenburg und Frank Castorf zusammen. An der Volksbühne spielte sie unter der Regie von Gero Troike die Ranjewskaja im »Kirschgarten«. Es folgten Engagements am Nationaltheater Mannheim, am Maxim Gorki Theater Berlin und am Staatstheater Schwerin. Dort spielte sie in »Der Gott des Gemetzels«, »Eine Familie« und »Sonnenallee«.
2013 spielte sie am Hans Otto Theater in Potsdam bei Tobias Wellemeyer in Krebsstation von Solschenyzin mit. Hier folgte auch unter der Regie von Barbara Bürk »Wellen« nach einer Novelle von Eduard von Kayserling.
Sie drehte mit Regisseuren wie Manfred Stelzer (»Pommery und Putenbrust«) und Heike Misselwitz (»Engelchen«). Für den DFF stand sie für Peter Sodann in »Wand an Wand« vor der Kamera.
In der Spielzeit 2014 / 2015 spielte sie die Miss Sherman im Musical »Fame«, einer Koproduktion vom neuen theater und Thalia Theater Halle. 2015 bis 2020 gehörte sie zum Ensemble des Monbijou-Theaters Berlin.
Von 1982 bis 1990 und ab 1. Mai 2021 ist sie festes Ensemblemitglied des neuen theaters Halle.