Christoph Werner wurde 1964 in Dessau geboren.
Studium an der Hochschule für Schauspielkunst »Ernst Busch« in Berlin
Engagements am Volkstheater Rostock und am Theater Waidspeicher in Erfurt
Seit 1995 künstlerischer Leiter am Puppentheater der Stadt Halle
Von 2005 bis 2011 Intendant des neuen theaters und des Puppentheaters Halle
Von 2005 bis 2008 Intendant des Internationalen Festivals »Theater der Welt«
Seit 2011 Künstlerischer Direktor des Puppentheaters Halle
Seit 2012 Künstlerischer Kodirektor des Thalia Theaters
Unter Christoph Werners Leitung formierte sich das Puppentheater Halle neu. Große Koproduktionen mit den Wiener Festwochen, dem Schauspielhaus Köln, dem Staatstheater Stuttgart, der Volksbühne Berlin, dem Opernhaus Halle gehören ebenso zu diesem neuen Profil wie auch kleine, weltweit erfolgreiche Inszenierungen wie beispielsweise »Kannst Du pfeifen Johanna« oder »Die Werkstatt der Schmetterlinge«. 2005 wird Christoph Werner Nachfolger von Peter Sodann und leitet fortan neben dem Puppentheater auch das Schauspielhaus. Bereits im ersten Jahr seiner Intendanz wird das neue theater Halle zum Berliner Theatertreffen eingeladen. 2005 wird Christoph Werner vom Internationalen Theaterinstitut, der Stadt Halle und dem Land Sachsen-Anhalt zum Intendanten des Festivals »Theater der Welt« bestellt. Bis 2008 bereitet er gemeinsam mit dem Kurator Torsten Maß dieses theatrale Großereignis für Halle vor. Sowohl beim Publikum als auch bei der Presse wird »Theater der Welt« 2008 in Halle ein überwältigender Erfolg.
Mit der Spielzeit 2010 / 2011 übernahm Christoph Werner wieder ausschließlich die Intendanz des Puppentheaters. Als Regisseur hat Christoph Werner in allen Genres gearbeitet. Sein besonderes Interesse gilt dabei der Verknüpfung von Menschen- und Puppentheater. Zahlreiche Preise auf einschlägigen Festivals, Tourneen durch Europa, Amerika und Asien dokumentieren seine Arbeit. Seine Stücke erscheinen im Verlag Hartmann & Stauffacher, im Mitteldeutschen Verlag erschien seine Erzählung »Josefs Geschichte«, im Hasenverlag erschien zuletzt »Glücklicher Tod eines Rebellen«.
2014 erschien Christoph Werners Roman »Marie Marne und das Tor zur Nacht« im Osburg Verlag Hamburg. Im April 2023 bringt der Mitteldeutsche Verlag seinen neues Buch »Das Haus fernab des Meres« heraus.